Изначально церковь строилась как часовня под руководством О.А. Сизого. Сложена из бревен «мертвокладной», в которой зимой 1856-1857 гг. лежали тела умерших казаков Усть-Зейского поста.
В 1920 годы колокольня храма была снесена. В советское время в здании размещались: клуб пограничного кавалерийского отряда, детские ясли, радиокомитет, отдел культуры горисполкома, кожно-венерологический диспансер. Здание, известное как «первый дом Благовещенска» было снесено в 1980 году. Восстановлено в 2008-2009 годах.